Thạch Sanh có một người bạn tên là Lý Thông. Lý Thông ở gần chợ với một người mẹ già. Lý Thông tính tình rất gian xảo, hay lường gạt. Thạch Sanh thường đến nhà Lý Thông chơi vì cha mẹ mất sớm, Thạch Sanh thương mến mẹ Lý Thông như mẹ của mình và coi Lý Thông như anh ruột, gọi là anh kết nghĩa.
Nơi làng Lý Thông ở có một con xà tinh rất hung dữ. Nhà vua đã nhiều lần sai quân lính tới giết nó nhưng không sao giết nổi. Nhà vua đành phải xây cho nó một cái miếu thờ và mỗi năm phải hứa cúng cho nó một người để nó ăn thịt. Được như vậy nó mới không phá phách và để yên cho dân chúng làm ăn. Mỗi năm, người ta bốc thăm, ai trúng thì bị làm mồi cho xà tinh ăn. Nhà vua hứa ai giết được xà tinh sẽ ban thưởng.
Rủi cho Lý Thông, anh ta bị rút thăm trúng làm người đem cúng cho xà tinh ăn thịt. Biết Thạch Sanh là người thật thà lại ở ven rừng không biết nhiều tin tức, Lý Thông nghĩ cách gạt em kết nghĩa của mình.
Lý Thông mời Thạch Sanh đến nhà ăn cơm. Sau khi ăn xong, Lý Thông rót rượu mời Thạch Sanh uống rồi nói:
- Tối nay đến phiên anh phải canh gác miếu xà tinh nhưng mẹ anh lại không khoẻ trong người, anh nhờ chú đi thế giùm được không?
Vốn thương mến mẹ con Lý Thông, Thạch Sanh Sẵn sàng đi thế. Nửa đêm, xà tinh tới miếu để ăn thịt người. Một luồng gió hôi tanh thổi lên, cây cối ngã rào rào. Thạch Sanh bỗng trông thấy một con rắn lớn hả miệng hung dữ. Thạch Sanh vội giơ rìu lên chém.
Sau một trận đánh, Thạch Sanh giết được xà tinh. Anh ta chặt lấy đầu rồi nổi lửa đốt xác. Xác xà tinh cháy rụi. Từ trong đám tro bỗng hiện ra một cây cung và mấy mũi tên bằng vàng.
Thạch Sanh đeo cung tên vào người rồi xách đầu xà tinh đem về. Hai mẹ con Lý Thông đang ngủ say, yên trí là Thạch Sanh đã bị xà tinh ăn thịt mất rồi. Nghe tiếng Thạch Sanh gọi cửa, hai người sợ hãi tưởng là hồn ma Thạch Sanh về báo oán. Lý Thông vội quì xuống nói:
- Xin chú hãy tha cho tôi. Mẹ con tôi hứa sẽ lễ cầu siêu và mỗi năm cúng giỗ cho chú.
Thạch Sanh nghe vậy, biết là Lý Thông gạt mình. Nhưng vốn tốt bụng, Thạch Sanh không giận, nói:
- Em vẫn còn sống đây mà. Xà tinh đã bị em giết chết đem đầu về đây.
Lý Thông thấy Thạch Sanh không có vẻ giận, vội mở cửa cho Thạch Sanh vào. Qua cơn hoảng sợ, Lý Thông nghĩ ngay ra được cách gạt Thạch Sanh. Anh ta làm ra vẻ sợ hãi, lo lắng:
- Chết! Chú không biết là con xà tinh này đã được vua phong thần hay sao mà giết nó. Chú mang tôi to lắm rồi, phải trốn ngay đi.
Thạch Sanh tưởng thật, vội trốn vào rừng. Còn Lý Thông mang đầu xà tinh lên kinh đô báo tin cho vua biết chính mình đã giết được xà tinh. Nhà vua mừng rỡ, ban thưởng cho Lý thông nhiều vàng bạc và phong cho hắn chức một quan võ
Hang sâu thăm thẳm, không ai dám xuống. Thạch Sanh thấy vậy bèn bảo Lý Thông thòng dây cho mình leo xuống.
Xuống tới đáy hang, Thạch Sanh đốt đuốc lên và dò tìm theo dấu máu khô tới một căn phòng. Thạch Sanh trông thấy một cô gái đang ngồi rầu rĩ trước cửa. Đoán chừng là công chúa, Thạch Sanh nói:
- Xin công chúa đừng sợ. Hãy đi theo tôi.
Công chúa cho Thạch Sanh biết Đại Bàng có tài biến hóa và rất hung dữ. Nó bị mũi tên vàng của Thạch Sanh băn trúng, bị thương nặng đang nằm trong phòng.
Thạch Sanh dẫn công chúa đến chỗ dây thòng, cột dây vào người công chúa rồi giật dây báo hiệu cho Lý Thông kéo lên. Không ngờ Lý Thông thấy đã cứu được công chúa bèn thu dây lại, không thả xuống cho Thạch Sanh lên nữa. Lý Thông lại sai lính khiêng đá to lấp cửa hang luôn.
Thạch Sanh dò dẫm trong hang tìm lối ra. Nơi một ngõ ngách, Thạch Sanh thấy một cái cũi sắt, trong có một người con trai đang ngồi rầu rĩ. Thạch Sanh hỏi chuyện. Chàng ta nói:
- Tôi là Thái Tử con vua Thủy Tề. Tôi bị Đại Bàng bắt giam ở đây đã lâu. Cũi này làm cho phép của tôi hết hiệu lực. Nhờ người cứu giùm.
Thạch Sanh phá cũi cho Thái Tử ra. Nhờ phép thần thông của Thái Tử giúp, Thạch Sanh ra được khỏi hang. Thái Tử dắt Thạch Sanh xuống thủy cung gặp vua Thủy Tề. Vua Thủy Tề cảm ơn Thạch Sanh đã cứu con mình, tặng cho Thạch Sanh một cây đàn thần và đưa Thạch Sanh trở lên mặt đất.
Thạch Sanh về kinh đô tìm Lý Thông để hỏi cho ra lẽ tại sao lại đối xử với mình thật xấu. Nào ngờ, Lý thông đổ cho Thạch Sanh tội ăn cắp vàng bạc rồi giam vào ngục. Trước đó, anh ta đã cho công chúa uống thuốc làm cho câm để công chúa khỏi kể chuyện lại với vua cha. Anh ta tự nhận là mình đã cứu được công chúa và giết chết Đại Bàng. Vua tưởng thật, thưởng cho anh ta thật nhiều vàng bạc và cho làm quan to.
Thạch Sanh bị giam trong ngục bèn lấy đàn thần ra gẩy. Tiếng đàn thần vang tới tai Lý Thông thì nghe như những lời trách móc kẻ hại người. Tiếng đàn lọt vào cung cấm đến tai công chúa thì nghe như những lời than. Công chúa tự nhiên hết câm, đi tìm vua cha. Công chúa cho vua biết chính Thạch Sanh mới là người cứu mình.
Vua cho thả Thạch Sanh khỏi ngục và bắt giam Lý Thông chờ ngày xử tội. Thạch Sanh là người tốt bụng, quì xuống xin vua tha tội cho Lý Thông. Mẹ con anh ta bị đuổi về làng cũ. Giữa đuờng đi, cả hai bị sét đánh chết.
Thạch Sanh đuợc vua gả công chúa. Khi vua chết, Thạch Sanh nối ngôi làm vua. Thạch Sanh là một ông vua tài giỏi và nhân đức, đem lại hạnh phúc cho toàn dân.